La denuncia y la querella pueden presentarse ante la Fiscalía General de la República, ante la Policía Nacional Civil o ante el Juez de Paz (Arts. 229, 234, 235 y 237 del código procesal penal).
En el caso de daños y perjuicios, la acción civil contra los partícipes del delito puede ser ejercida conjuntamente con la acción penal. También puede intentarse por separado ante los Tribunales Civiles o Mercantiles, pero no puede ejercerse simultáneamente la acción de resarcimiento en el ámbito penal y el ámbito civil.
Las denuncias por acoso laboral, violencia intrafamiliar, violencia contra la mujer, violencia o afectación contra menores pueden hacerse ante la Policía Nacional Civil, el juez de lo laboral o de familia, la Dirección General de trabajo, Instituto salvadoreño para el desarrollo de la mujer, Consejo Nacional de la Niñez y Adolescencia (CONNA), Procuraduría General de la República.
Las denuncias por violaciones a derechos humanos pueden hacerse ante la procuraduría para la defensa de los derechos humanos.